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सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर राजस्व की वसूली एवं संबंधित अधिनियमों / कानून को लागू करने के लिए सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर, हैदराबाद- II आयुक्तालय का गठन वर्ष 1997 में किया गया था, जिसका क्षेत्राधिकार  तत्कालीन आंध्र प्रदेश राज्य के हैदराबाद जिले पर था।  सीमा शुल्क क्षेत्राधिकार में हैदराबाद हवाई अड्डा, एयर कार्गो कॉम्प्लेक्स, आईसीडी सनतनगर, आईसीडी तिम्मापुर, सीएफएस कूकटपल्लि, सीएफएस एपीटीपीसी, और बैटको, मुत्तंगी शामिल थे। पिछले कुछ वर्षों में आयुक्तालय के  राजस्व की वसूली काफी बढ़ी है।

सीबीईसी (वर्तमान में सीबीआईसी) ने दिनांक 15.10.2014 से उसके अधीनस्था विभिन्न गठनों को पुनर्गठित किया है और तदनुसार सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर, हैदराबाद- II आयुक्तालय को भी पुनर्गठित किया गया था। इस पुनर्गठन के अनुसार इस आयुक्तालय से अलग रूप से एक सीमा शुल्क आयुक्तालय एवं एक नया सेवा कर आयुक्तालय बनाए गए और हैदराबाद - III  और हैदराबाद - IV आयुक्तालयों से केंद्रीय उत्पाद शुल्क क्षेत्राधिकार के कुछ हिस्सों को इस आयुक्तालय में जोड़ा गया। हैदराबाद- II आयुक्तालय के पास तेलंगाणा राज्य के हैदराबाद एवं महबूबनगर के पूरे जिले, और रंगारेड्डी जिले के कंदुकूर, महेश्वरम, शंशाबाद और राजेंद्रनगर मंडल का केंद्रीय उत्पाद शुल्क क्षेत्राधिकार था। इसका सेवा कर क्षेत्राधिकार तेलंगाणा राज्य के संपूर्ण महबूबनगर जिला और रंगारेड्डी जिले के राजेंद्रनगर, शंशाबाद, महेश्वरम, कंदुकूर मंडल पर था। आयुक्तालय के क्षेत्राधिकार को पाँच मंडलों में विभाजित किया गया था - हैदराबाद, सिकंदराबाद, शंशाबाद, कोत्तूर, तिम्मापूर।

दिनांक 1 जुलाई 2017 से प्रभावी माल और सेवा कर अधिनियम, 2017 के कार्यान्वयन के परिणामस्वरूप सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर, हैदराबाद-II  आयुक्तालय को पुन:संगठित, पुनर्गठित किया गया और इसका नाम बदलकर हैदराबाद जीएसटी आयुक्तालय कर दिया गया ।

संगठन के प्रभावी और कुशल कामकाज के लिए और लगातार विकासशील हैदराबाद की जरूरतों को आसानी से पूरा करने के लिए, हैदराबाद जीएसटी आयुक्तालय के क्षेत्राधिकार को निम्नलिखित आठ मंडलों में विभाजित किया गया है:

हैदराबाद जीएसटी आयुक्तालय का नेतृत्व प्रधान आयुक्त करते / करती हैं, जो आयुक्तालय का प्रशासनिक और कार्यकारी प्रमुख होते / होती  हैं। प्रधान आयुक्त को पदानुक्रम के क्रम में अपर आयुक्त / संयुक्त आयुक्त, उप आयुक्त / सहायक आयुक्त, अधीक्षक, प्रशासन अधिकारी, निरीक्षक, उप कार्यालयीन अधीक्षक, कर सहायक,  प्रवर श्रीणी लिपिक,  अवर श्रेणी लिपिक, प्रधान हवलदार, हवलदार, सिपाही आदि द्वारा सहायता प्रदान की जाती है।

मंडलों को आगे रेंजों में उप-विभाजित किया गया है। प्रत्येक मंडल का नेतृत्व  उप / सहायक आयुक्त करते हैं और रेंज का नेतृत्व अधीक्षक करते हैं।  मंडल के उप / सहायक आयुक्त को पदानुक्रम के क्रम में अधीक्षक, प्रशासन  अधिकारी, निरीक्षक, कार्यपालक  सहायक, कर सहायक, अवर श्रेणी लिपिक, प्रधान हवलदार, हवलदार, सिपाही आदि द्वारा सहायता प्रदान की जाती है।