सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर राजस्व की वसूली एवं संबंधित अधिनियमों / कानून को लागू करने के लिए सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर हैदराबाद-II आयुक्तालय का गठन वर्ष 1997 में किया गया था जिसका क्षेत्राधिकार तत्कालीन आंध्र प्रदेश राज्य के हैदराबाद जिले पर था। सीमा शुल्क के क्षेत्राधिकार में हैदराबाद हवाई अड्डा, एयर कार्गो कॉम्प्लेक्स, आईसीडी सनतनगर, आईसीडी तिम्मापुर, सीएफएस कूकटपल्लि, सीएफएस एपीटीपीसी, और बैटको, मुत्तंगी शामिल थे।
सीबीईसी (वर्तमान में सीबीआईसी) ने दिनांक 15.10.2014 से उसके अधीनस्थ विभिन्न गठनों को पुनर्गठित किया है और तदनुसार सीमा शुल्क, केंद्रीय उत्पाद शुल्क और सेवा कर, हैदराबाद-II आयुक्तालय को भी पुनर्गठित किया गया था। इस पुनर्गठन के अनुसार हैदराबाद-II आयुक्तालय से अलग रूप से सीमा शुल्क आयुक्तालय बनाया गया।
प्रभावी और कुशल कामकाज के लिए, हैदराबाद सीमा शुल्क आयुक्तालय के क्षेत्राधिकार को आठ गठनों में विभाजित किया गया है, जिनमें से प्रत्येक गठन का नेतृत्व उप आयुक्त / सहायक आयुक्त करते हैं।
1. राजीव गांधी अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा, शंशाबाद
2. एयर कार्गो कॉम्प्लेक्स, शंशाबाद
3. अंतर्देशीय कंटेनर डिपो, सनतनगर
4. कंटेनर फ्रेट स्टेशन, कूकटपल्लि
5. कंटेनर फ्रेट स्टेशन, मुत्तंगी
6. अंतर्देशीय कंटेनर डिपो, तिम्मापूर
7. निर्यात संवर्धन मंडल - जिसे निर्यात संवर्धन सर्किलों के रूप में 3 सर्किलों में विभाजित किया गया है - हैदराबाद, मुत्तंगी और तिम्मापूर
8. अंतर्राष्ट्रीय डाकघर
इस आयुक्तालय का नेतृत्व प्रधान आयुक्त करते हैं, जो आयुक्तालय का प्रशासनिक और कार्यकारी प्रमुख होते हैं। प्रधान आयुक्त को पदानुक्रम के क्रम में अपर आयुक्त / संयुक्त आयुक्त, उप आयुक्त / सहायक आयुक्त, मुख्य लेखा अधिकारी, अधीक्षक, प्रशासन अधिकारी, निरीक्षक, कार्यपालक सहायक, कर सहायक, अवर श्रेणी लिपिक, प्रधान हवलदार, हवलदार, सिपाही आदि द्वारा सहायता प्रदान की जाती है।